Om zijn opdracht te kunnen vervullen, ontvangt AGION jaarlijks machtigingen van de Vlaamse Regering.
In 2026 beschikt AGION voor het gesubsidieerd onderwijs over de volgende machtigingen:
Daarnaast beschikt AGION over 31,646 miljoen euro voor het toekennen van energieleningen en 17,031 miljoen euro uit het klimaatfonds voor het uitvoeren van de klimaatacties voor onderwijs (deze middelen zijn ook inzetbaar in de komende jaren).