Om zijn opdracht te kunnen vervullen, ontvangt AGION jaarlijks machtigingen van de Vlaamse Regering.
In 2021 beschikt AGION voor het gesubsidieerd onderwijs over de volgende machtigingen:
Daarnaast beschikt AGION over 3,938 miljoen euro voor het toekennen van energieleningen en 4,704 miljoen euro uit het klimaatfonds voor het uitvoeren van de klimaatacties voor onderwijs.