Een vaak gehoorde stelling is dat multifunctioneel gebruik van schoolinfrastructuur een hogere kostprijs veroorzaakt. De praktijk leert dat dit niet zo hoeft te zijn. Een bepalende factor voor de kosten is in welke mate er bij aanbesteding van een nieuwbouwproject rekening gehouden wordt met multifunctioneel gebruik. De school zou een duidelijke visie moeten hebben over hoe hoe vaak en wie de infrastructuur multifunctioneel kan gebruiken. Idealiter vult de school de bezettingsmatrix grotendeels in vóór aanbesteding van het project. Het vroegtijdig detecteren van de noden en potentiële partners en gebruikers is cruciaal.
Scholen die hun bestaande infrastructuur een multifunctionele invulling geven, kunnen een andere benadering volgen om de kostprijs van multifunctionaliteit te beperken. Als er infrastructurele aanpassingen moeten gebeuren kunnen scholen beroep doen op de bestaande subsidieprocedures.
Voor wat betreft exploitatie of beheer kunnen scholen samenwerken met partners zoals lokale besturen. Een intensiever gebruik van de infrastructuur vereist ook onderhoud. Deze onderhoudskosten kan de school verrekenen in de vergoeding die de school kan vragen voor het gebruik van de infrastructuur.
Scholen passen best een kostendekkend huurtarief toe om te vermijden dat werkingsmiddelen voor onderwijs rechtstreeks aan het gebruik door derden worden besteed.
Onderwijsinstellingen zijn meestal onderworpen aan de rechtspersonenbelasting in plaats van de vennootschapsbelasting. Eén van de voorwaarden daarvoor is dat een onderwijsinstelling geen verrichtingen van winstgevende aard mag uitvoeren. Multifunctionele onderwijsinfrastructuur beoogt geen winstoogmerk. Dit impliceert dat de onderwijsinstelling normaal gezien aan de rechtspersonenbelasting kan onderworpen blijven. Het school- of centrumbestuur neemt de vrijwaring van de rechtspersonenbelasting best in acht wanneer de huurtarieven worden bepaald.
Scholen genieten een vrijstelling van onroerende voorheffing van onroerende goederen bestemd voor onderwijs. Deze vrijstelling blijft behouden als scholen buiten de normale lestijden hun schoolgebouw openstellen voor derden. Ook openstelling gedurende een beperkte tijdsperiode tijdens de lestijden hoeft geen probleem te zijn, zolang de onderwijsbestemming maar behouden blijft. De essentie is dat de schoolgebouwen in hoofdzaak voor didactische doeleinden moeten gebruikt worden. Ook scholen in het Brussels Hoofdstedelijk Gewest kunnen onder bepaalde voorwaarden hun gebouwen openstellen met behoud van vrijstelling van onroerende voorheffing.
Openstelling van onderwijsinfrastructuur wordt op fiscaal vlak vaak op basis van artikel 18 van het btw-wetboek als een btw-plichtige dienst gezien. Als de btw-plichtige activiteiten van een onderwijsinstelling niet hoger zijn dan 25 000 euro per jaar (excl. btw), kan de vrijstelling kleine ondernemingen aangevraagd worden. Dit moet vóór aanvang van de btw-plichtige activiteit gebeuren. Als de btw-plichtige activiteiten van een onderwijsinstelling hoger zijn dan 25 000 euro per jaar (excl. btw), wordt de onderwijsinstelling gemengd btw-plichtig. Gemengd btw-plichtig betekent dat er zowel activiteiten worden uitgevoerd die onderworpen zijn aan btw, als activiteiten die zijn vrijgesteld van btw.
Voor werken aan schoolgebouwen geldt een verlaagd btw-tarief van 6%, ook bij gemengd gebruik, op voorwaarde dat het gebouw hoofdzakelijk gebruikt wordt voor aan btw vrijgesteld onderwijs.
Het delen van schoolinfrastructuur vormt dus geen probleem voor het btw-voordeel.