Om haar opdracht te kunnen vervullen, ontvangt AGIOn jaarlijks machtigingen van de Vlaamse Regering.
In 2010 beschikt AGIOn voor het gesubsidieerd onderwijs over de volgende machtigingen:
| vrij leerplichtonderwijs |
139 755 000 euro |
| officieel leerplichtonderwijs |
33 282 000 euro |
| vrij hogescholen |
13 530 000 euro |
| officieel hogescholen |
1 454 000 euro |
| autonome hogescholen |
8 361 000 euro |
|